2017, Número 3
Identificación in silico de moléculas potencialmente inhibidoras de CDK5, proteína relacionada con la enfermedad de Alzheimer
Idioma: Español
Referencias bibliográficas: 23
Paginas: 326-336
Archivo PDF: 656.74 Kb.
RESUMEN
Introducción: La enfermedad de Alzheimer exhibe un compromiso neurodegenerativo e irreversible. Hoy, numerosas investigaciones promueven la inhibición de algunas quinasas para su tratamiento, de especial mención la CDK5. Objetivo: Identificación de nuevas moléculas con posibilidad de interactuar con la proteína quinasa dependiente de ciclina 5, CDK5, inhibiendo su función. Material y Métodos: Se realizó un estudio in silico, para lo cual se extrajeron 911 moléculas de pubchem, y mediante AutoDock Vina se hicieron acoplamientos moleculares con la proteína CDK5 extraída de Protein Data Bank y con un inhibidor conocido para la proteína. Además se realizó un acoplamiento inverso para la identificación de otros posibles blancos moleculares con los mejores ligandos seleccionados. Resultados: Con los resultados obtenidos fueron identificadas cinco moléculas con valores de afinidad entre -11,6 hasta -17,7 Kcal/mol que se unen en el sitio activo de la proteína, de igual forma que lo hace el inhibidor conocido de la misma, e interactúan con los residuos cisteína 83 y glutamina 81. Conclusiones: Las moléculas identificadas pueden interactuar con la CDK5 a nivel de su sitio activo, por lo que podrían actuar como inhibidores de esta quinasa. Esto abre una futura ventana terapéutica en el tratamiento de la enfermedad de Alzheimer.REFERENCIAS (EN ESTE ARTÍCULO)
Maccioni C, Arzola M, Mujica L, Maccion R. Nuevos paradigmas en el estudio de la patogénesis de la enfermedad de Alzheimer. Rev. chil. neuro-psiquiatr [Internet]. 2003 Consultado: 2017 Abr 15; 41(supl 2):33-46.]. Disponible en: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-92272003041200005&lng=es&nrm=iso&tlng=es
Li H, Zheng M, Luo X, Zhu W, Jiang H. Computational approaches in drug discovery and development. Wiley encyclopedia of chemical biology [Internet]. 2008 Consultado: 2017 Abr 15]. Disponible en: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/9780470048672.wecb098/abstract;jsessionid=F09909716C68BF68B8AE25FC83E1BD3D.f01t01?systemMessage=Pay+Per+View+on+Wiley+Online+Library+will+be+unavailable+on+Saturday+15th+April+from+12%3A00-09%3A00+EDT+for+essential+maintenance.++Apologies+for+the+inconvenience.&userIsAuthenticated=false&deniedAccessCustomisedMessage=
Pierri C, Parisi G, Porcelli V. Computational approaches for protein function prediction: A combined strategy from multiple sequence alignment to molecular docking-based virtual screening. Biochim Biophys Acta [Internet]. 2010 Consultado: 2017 Abr 15; 1804(9):1695-712. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20433957
Demange L, Abdellah FN, Lozach O, Ferandin Y, Gresh N, Meijer L, et al. Potent inhibitors of CDK5 derived from roscovitine: Synthesis, biological evaluation and molecular modelling. Bioorg Med Chem Lett [Internet]. 2013 Consultado: 2016 Oct 15; 23:125–31. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23218601
Chatterjee A, Cutler SJ, Doerksen RJ, Khan IA, Williamson JS. Discovery of thienoquinolone derivatives as selective and ATP non-competitive CDK5/p25 inhibitors by structure-based virtual screening. Bioorg Med Chem [Internet]. 2014 Consultado: 2016 Oct 22; 22(22) :6409-21 Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Discovery+of+thienoquinolone+derivatives+as+selective+and+ATP+non-competitive+CDK5%2Fp25+inhibitors+by+structure-based+virtual+screening
Dong K, Wang X, Yang X, Zhu X. Binding mechanism of CDK5 with roscovitine derivatives based on molecular dynamicssimulations and MM/PBSA methods. J Mol Graph Model [Internet]. 2016 Consultado: 2016 Nov 02;68:57-67. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Binding+Mechanism+of+CDK5+with+Roscovitine+Derivatives+Based+on+Molecular+Dynamics+Simulations+and+MM%2FPBSA+Methods
Shrestha S, Natarajan S, Park JH, Lee DY, Cho JG, Kim GS, et al. Potential neuroprotective flavonoid-based inhibitors of CDK5/p25 from Rhus parviflora. Bioorg Med Chem Lett.[Internet]. 2013Consultado: 2016 Nov 11;23(18):5150-54 Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Potential+neuroprotective+flavonoid-based+inhibitors+of+CDK5%2Fp25+from+Rhus+parviflora
Mascayano C, Carolina L. Síntesis de derivados de 1-bencilisoquinolinas como posibles inhibidores de CDK5 y estudio de las interacciones en el sitio de unión de ATP. Universidad de Santiago de Chile, Facultad de Química y Biología. [Internet]. 2006 Consultado: 2016 Nov 11. Disponible en: http://dspace2.conicyt.cl/handle/10533/15016
Nishikawa T, Takahashi T, Nakamori M, Yamazaki Y, Kurashige T, Nagano Y, et al. Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate is enriched in granulovacuolar degeneration bodies and neurofibrillary tangles. Neuropathol Appl Neurobiol [Internet]. 2014 Jun Consultado: 2016 Nov 24; 40(4):489-501. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Phosphatidylinositol-4%2C5-bisphosphate+is+enriched+in+granulovacuolar+degeneration+bodies+and+neurofibrillary+tangles.
Haddad J. Mitogen-activated protein kinases and the evolution of Alzheimer's: a revolutionary neurogenetic axis for therapeutic intervention? Prog Neurobiol [Internet]. 2004 Ago Consultado: 2016 Nov 28;73(5):359-77. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Mitogen-activated+protein+kinases+and+the+evolution+of+Alzheimer%E2%80%99s%3A+a+revolutionary+neurogenetic+axis+for+therapeutic+intervention%3F%2C
Alam J, Scheper W. Targeting neuronal MAPK14/p38αactivity to modulate autophagy in the Alzheimer disease brain. Autophagy [Internet]. 2016 Dic Consultado: 2016 Dic 03; 12(12):2516-20]. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Targeting+neuronal+MAPK14%2Fp38%CE%B1+activity+to+modulate+autophagy+in+the+Alzheimer+disease+brain
Rodríguez C, Rimola A, Alí J, González P, Sodupe M. Estrategias in silico para el diseño y selección de compuestos con potencial aplicación en la enfermedad de Alzheimer. FarmaEspaña Ind [Internet]. 2011 Nov-Dec Consultado: 2017 Abr 15; 1:66-8. Disponible en http://www.xrqtc.com/wp-content/uploads/2014/07/alzheimer.pdf